水电是技术成熟、运行灵活的清洁低碳可再生能源，具有防洪、供水、航运、灌溉等综合利用功能，值得大力发展。但是，当前水电开发面临生态环保压力加大，移民安置难度提高，开发经济性下降等问题。因此，未来的水电开发必须转变思路，弥补水电发展短板。
首先，随着经济社会的发展，生态文明建设的推进，对水电开发提出了更高要求;随着水电开发的不断推进和开发规模的扩大，剩余水电开发条件相对较差，面临的生态环境保护压力加大。下一步，要重视生态环境保护，坚持生态优先，科学开发水能资源，建设环境友好型工程，重视生态修复，保障水电可持续发展。
其次，我国待开发水电主要集中在西南地区，经济社会发展相对滞后，移民安置难度加大。未来要把水电发展和促进移民脱贫、增加群众资产性收益相结合，把水电发展和促进当地经济发展相结合，让地方和移民共享水电发展成果。
另外，大江大河上游河段水电工程地处偏远地区，交通条件差，输电距离远，工程建设和输电成本高，加之移民安置和环保的投入加大，水电开发的经济性变差。此外，对水电综合利用的要求越来越高，投资补助和分摊机制尚未建立，加重了水电建设的经济负担和建设成本。未来要统筹流域水电开发，推进水电基地建设，加快调节性能好的控制性水库建设;优化电源建设结构，加快抽水蓄能发展;统筹水电开发、电网建设和电力市场，增强发展协调性。
