部门协作是推行关键
此前征求意见稿中规定，由税务机关负责征收管理，但作为征税核心要素的税基，即污染物排放量由环保部门审核，而污染物排放量是容易引起征纳双方争议的一个问题。
出现纳税人争议时，如何保障纳税人应有的税收救济权利，纳税人应该向哪个部门寻求有效的法律救济?是向税务机关还是环保部门提起税务行政复议?这些细节问题，法律都应进一步明确。
对于专家提出的意见建议，国家税务总局财产和行为税司四处副处长陈燕表示，部门协作是环保税顺利推行的关键，这个过程中可能遇到的问题如果不能通过法律法规先行明确，并不会通过税收征管来解决，而是会在税收征管中放大。
因此，在立法阶段，要考虑全面，对预估存在的问题予以解决，避免实务操作遇到困难。
虽然对环保税法寄予厚望，也有多位专家提醒，不能指望一部法律解决所有环保问题。
更有专家指出，不一定要通过增设环保税来解决环保问题。
首都经济贸易大学财税学院教授赵书博提出，在推动环保税立法工作的同时，要加强多税种共同配合。
